国难当头，超然的教授挺身而出。在另一场灾难中，超然的叶企孙也未能幸免。

　　熊大缜从军后不久，被怀疑为钻入革命队伍的特务，由晋察冀军区“锄奸队”秘密逮捕并处决。此案定性为“特务”，株连从平津来冀中参加抗战的知识分子近百人，一律受到逮捕关押和严刑审讯。

　　“文革”开始后，熊大缜特务案被重新提出并进一步调查。连普通国民党员都不是的叶企孙，竟被诬为国民党中统在清华的头子，说熊大缜是受他的派遣打入根据地，他向抗日军民提供的援助，也被说成是来自国民党反动派。

　　院系调整中调至北大的叶企孙，被红卫兵揪斗、关押、抄家，并被送往“黑帮劳改队”，突然受到的刺激，曾使他一度精神错乱。1968年，他被正式逮捕关押，在押期间，受过8次连续提审，写过多次“笔供”。关押一年多以后，由于“内查外调”查无实据，他被放回北大，在特务嫌疑犯的莫须有罪名下继续受到打击和监视。

　　当时叶企孙住进北大的一间斗室，本来风度翩翩的名教授，腰已经弯到了90度。

　　然而就在叶企孙身陷囹圄———后来人们称这是他生命中最晦暗的时日———被逼“交代”为什么会被国民政府选中担任中央研究院总干事时，他仍坦然且不无自傲地回答：“据吾推测……是因为吾对于各门科学略知门径，且对于学者间的纠纷尚能公平处理，使能各展所长。”

　　他的传记作者虞昊和黄延复感慨：试问，即便在今天，能够“做到这份上”的，有几人？

　　叶企孙本人是哈佛大学博士，上世纪20年代，他在测定普朗克常数这一实验物理学的重要课题上，获得当时的最佳数据，曾长期在国际上沿用。

　　归国后，他创建清华大学物理系和理学院，并长期掌舵。他当年延聘的教师熊庆来、萨本栋、周培源、赵忠尧、吴有训等，物理系学生王淦昌、赵九章、钱伟长、钱三强、王大珩、朱光亚、周光召等，理学院其他系学生陈省身、华罗庚、袁翰青等，不下六七十人，几乎都成为国内外科技界的精英和科学院院士。